Seksi Tindak Pidana Khusus, mempunyai tugas melakukan pengendalian kegiatan penyelidikan, penyidikan, prapenuntutan, pemeriksaan tambahan, penuntutan, melaksanakan penetapan dan putusan pengadilan, pengawasan terhadap pelaksanaan keputusan lepas bersyarat dan tindakan hukum lainnya dalam perkara tindak pidana khusus di daerah hukum Kejaksaan Negeri yang bersangkutan.

Dalam melaksanakan tugas, Seksi Tindak Pidana Khusus menyelenggarakan fungsi:

1. penyiapan perumusan kebijaksanaan teknis di bidang tindak pidana khusus berupa pemberian bimbingan, pembinaan dan pengamanan teknis ;
2. penviapan rencana, pelaksanaan dan pengendalian kegiatan penyelidikan, penyidikan, prapenuntutan, pemeriksaan,  tambahan, penuntutan dan pengadministrasiannya;
3. pelaksana.m penetapan hakim dan putusan pengadilan, pengawasan terhadap pelaksanaan keputusan lepas bersvarat dan tindakan hukum lain dalam perkara tindak pidana khusus serta pengadministrasiannya ;
4. pembinaan kerjasama dan koordinasi dengan instansi terkait dan memberi bimbingan serta petunjuk teknis kepada penyidik dalam penanganan perkara tindak pidana korupsi, ekonomi dan tindak pidana khusus yang lain serta pengadminintrasiannya;
5. penyiapan bahan sarana konsepsi tentang pendapat dan atau pertinibangan hukum Jaksa Agung mengenai perkara tindak pidana khusus dan masalah hukum lain dalam kebijaksanaan hukum;
6. peningkatan kemampuan, keterampilan dan integritas kepribadian aparat tindak pidana khusus

Seksi Tindak Pidana Khusus terdiri dari :

1. SUB SEKSI PENYIDIKAN : Subseksi   Penyidikan  mempunyai   tugas melakukan   segala   sesuatu   yang   berhubungan   dengan kegiatan penyidikan dan penuntutan tindak pidana khusus menyiapkan     bahan,     membuat     telaahan     dan gmberikan     bimbingan     teknis     terhadap     kegiatan penyidikan   dan   penuntutan tindak pidana khusus   serta menyelenggarakan administrasi dan dokumentasi.
2. SUB SEKSI PENUNTUTAN: Subseksi Penuntutan mempunyai tugas melakukan urusan penuntutan melakukan upaya hukum, eksekusi dan eksaminasi terhadap perkara tindak pidana khusus serta pengadministrasian dan pendokumentasian.